Ahmet Ağaoğlu’nun Fransa’da bulunduğu yıllar onun özellikle 1789 Fransız Devrimi’nin getirdiği düşüncelere yakınlaşmasına, Batılı liberal kavram ve değerleri incelemesine olanak verdi. Ardından 1894’te Azerbeycan’a döndü. “İrşad”, “Terakki”, “Füyuzat” gazetelerini yayımladı. İttihat ve Terakki Cemiyeti’nin yayın organı olan “Şura-yı Ümmet”e yazılar yazdı. Bu dönemde temel olarak Rusya Müslümanlarının birliği ve kültürel gelişmesi doğrultusunda mücadele verdi. Çarlığın baskısına karşı Difai adlı bir gizli dernek kurdu. Üzerindeki baskılar yoğunlaşınca, 1909’da ailesiyle birlikte İstanbul’a göç etti.

İkinci Meşrutiyet (1908) döneminde Ağaoğlu, dağılan Osmanlı İmparatorluğu’nda milliyetçilik açısından en geç kalan Türklerin, varlıklarını sürdürebilmek için milli bilinç kazanmalarının zorunlu olduğu görüşüne, yani Türkçülük akımına bağlandı. Bu dönemde Ziya Gökalp ile birlikte “Türkleşmek, İslamlaşmak, Muasırlaşmak” biçiminde ifade edilen düşüncenin, daha çok Türkçü ve çağdaşlaşmacı yönüne ağırlık verdi. Ahmet Ağaoğlu için Türkçülük siyasal bir programdan çok, ulusun kurtuluşunu sağlayacak birleşmenin temel kültürel harcı idi.