Ahmet Ağaoğlu, 1911’de Türk Yurdu Cemiyeti’nin kurucuları arasında yer aldı. Cemiyetin yayın organı “Türk Yurdu” dergisinde yayımladığı “Türk Alemi”, “Osmanlı İnkılabının Şarktaki Tesiratı”, “İslam’da Davay-ı Milliyet” gibi yazı dizileri ilgi uyandırdı. Babanzade Ahmed Naim ve Süleyman Nazif gibi İslamcı ve Osmanlıcı yazarlarla giriştiği tartışmada Türkçülükle İslam’ın çelişmediğini kanıtlamaya çalıştı. O sıralarda, İttihatçı eğilimlerin söz sahibi olmaya başladığı Darülfunun (İstanbul Üniversitesi)’da Rus dili ve Türk tarihi hocalığı yapmaya başladı. 1914’te Afyonkarahisar mebusluğuna seçildi. 1915’te İttihat ve Terakki’nin genel merkez üyesi oldu. 1917 Ekim Sovyet Devrimi’nden sonra Kafkas orduları siyasi müşaviri olarak Rusya’ya gitti. Geri döndüğünde İngilizler tarafından tutuklandı ve Malta’ya sürüldü.

Ağaoğlu 1921’de serbest bırakılınca Anadolu’ya geçerek, Ankara Hükümeti’nce Matbuat Umum Müdürlüğü görevine atandı. Bu görevini 1923’e kadar sürdürdü.1930’da Serbest Cumhuriyet Fırkası (Partisi)’nın kuruluşuna katıldı. Partinin programı ile tüzüğünün oluşturulmasında önemli katkıları oldu. Serbest Fırka kendisini kapatınca, çoğu kurucuların tersine, eski partisine dönmedi. 1933’te “Akanı” gazetesini çıkardı. Cumhuriyet Halk Partisi (CHP)’e muhalif bir çizgi izleyen gazeteyi kısa süre sonra kapatmak zorunda kaldı.

Cumhuriyet döneminde gerek CHP içindeki tutumunda, gerekse “Kadro” hareketini temsil eden Şevket Süreyya Aydemir ile giriştiği tartışmada, Ağaoğlu’nun Batılı parlamenter düzene yakınlığı ve “bütüncü” toplumsal anlayışlara karşı, Batılı anlamda birey özgürlüğüne dayalı toplumsal ve ekonomik görüşleri ağırlık kazanmıştır. Gazete yazılarını topladığı “Devlet ve Fert” (1933) adlı kitabı ile bir ütopya denemesi olan “Serbest İnsanlar Ülkesinde” (1930) bu açıdan önem taşır. 19 Mayıs 1939’da İstanbul’da öldü.